Arrêt de travail indépendant, ce que verse le régime de base et comment le compléter

Arrêt de travail indépendant, qui verse quoi selon le statut ?

Depuis l’intégration des indépendants au régime général, c’est l’Assurance maladie qui verse les indemnités journalières des artisans, des commerçants, des micro-entrepreneurs et des professions libérales. Les exploitants agricoles relèvent de la MSA. Les règles diffèrent selon le statut.

Statut	Début du versement	Base de l’indemnité	Limite principale
Artisan, commerçant, micro-entrepreneur	4e jour d’arrêt	Revenu d’activité moyen des 3 années civiles précédentes	Indemnité nulle si ce revenu moyen est sous un seuil fixé chaque année
Profession libérale (hors avocats)	4e jour d’arrêt	Revenu d’activité moyen	Arrêt indemnisé de 90 jours au total au plus
Exploitant agricole	4e jour d’arrêt	Montant forfaitaire par jour	Ne suit pas le revenu réel de l’exploitation

Ces règles sont celles des pages officielles de l’Assurance maladie et de la MSA. Les montants maximaux et le seuil de revenu changent chaque année : consultez la page de votre statut, citée en fin de guide.

Combien de jours sans indemnité au début d’un arrêt ?

Les 3 premiers jours d’un arrêt maladie ne sont pas indemnisés : c’est le délai de carence. L’indemnité commence au 4e jour, pour les artisans, les commerçants et les professions libérales comme pour les exploitants agricoles.

Le délai ne s’applique pas à chaque fois. Il n’est pas retenu pour une prolongation qui suit une courte reprise d’activité, ni, en cas d’affection de longue durée, pour les arrêts suivant le premier sur une même période de 3 ans.

Pour pouvoir être indemnisé, il faut aussi justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continue à son activité. Un créateur d’entreprise dans sa première année peut parfois s’appuyer sur ses droits d’une activité précédente : sa caisse le lui confirme.

Comment l’indemnité d’un artisan ou d’un commerçant est-elle calculée ?

L’indemnité journalière est calculée sur le revenu d’activité annuel moyen des 3 années civiles qui précèdent l’arrêt, dans la limite d’un plafond revu chaque année. Trois conséquences pratiques :

1. Une année faible, une création récente ou une baisse d’activité réduisent l’indemnité des années suivantes.
2. Sous un seuil de revenu moyen, publié chaque année par l’Assurance maladie, l’indemnité est nulle. Un micro-entrepreneur qui déclare peu de chiffre d’affaires est le premier concerné.
3. Les indemnités sont imposables et soumises à la CSG et à la CRDS, sauf celles liées à une affection de longue durée exonérante.

Les charges fixes de l’entreprise, elles, continuent pendant l’arrêt de travail de l’indépendant : loyer du local, crédits, assurances. Le régime de base ne les prend jamais en charge.

Que se passe-t-il pour une profession libérale après les premières semaines ?

Une profession libérale est indemnisée par sa caisse primaire d’assurance maladie à partir du 4e jour, pour une durée totale d’arrêt de 90 jours au plus. Au-delà, ce qui est versé dépend de la caisse de retraite et de prévoyance de la profession : renseignez-vous sur ses garanties d’incapacité et d’invalidité, qui varient beaucoup d’une profession à l’autre.

Les avocats ne relèvent pas de ce dispositif : leur profession dispose de sa propre couverture obligatoire d’indemnités journalières.

Que verse l’indemnité Amexa à un exploitant agricole ?

L’exploitant agricole touche une indemnité journalière Amexa de la MSA à partir du 4e jour d’arrêt. Il doit être affilié à l’Amexa depuis au moins un an et à jour de sa cotisation d’indemnité journalière au 1er janvier de l’année de l’arrêt.

Son montant est forfaitaire : il ne dépend pas du revenu de l’exploitation. Il vise à garantir un revenu personnel de base, pas à faire tourner l’exploitation. Le remplacement sur la ferme pendant l’arrêt reste à organiser à part. La page sur la prévoyance des exploitants agricoles détaille ce qui peut compléter cette indemnité.

Ce qu’une prévoyance ajoute au régime de base

Pour l’arrêt de travail d’un indépendant, une prévoyance individuelle ne remplace pas le régime obligatoire : elle s’y ajoute. Selon les garanties choisies, elle peut :

• verser des indemnités journalières complémentaires, après une franchise choisie au contrat ;
• verser une rente d’invalidité si l’activité ne reprend pas ;
• prendre en charge les frais généraux de l’entreprise pendant l’arrêt ;
• verser un capital ou une rente à la famille en cas de décès.

Pour un indépendant, les cotisations d’un contrat de prévoyance qui entre dans le dispositif dit Madelin sont déductibles du bénéfice imposable, dans des plafonds revus chaque année (article 154 bis du Code général des impôts). Vérifiez le plafond de l’année 2026 avec votre comptable.

La page sur la prévoyance des indépendants détaille ces garanties et ce qui fait varier leur coût ; vous pouvez y prendre un rendez-vous téléphonique avec un conseiller partenaire au créneau de votre choix.

Les démarches au début d’un arrêt de travail indépendant

1. Envoyez l’avis d’arrêt de travail à votre caisse dans le délai qu’elle indique : un envoi tardif peut réduire l’indemnisation.
2. Si vous avez une prévoyance, déclarez l’arrêt à l’assureur selon les modalités de votre contrat, en gardant une copie de l’avis.
3. Conservez les justificatifs de revenus et de charges de l’entreprise : ils servent au calcul de certaines garanties.
4. Organisez la continuité de l’activité : remplaçant, associé, report des rendez-vous.
5. Après l’arrêt, faites le point sur ce qui a manqué : c’est souvent le bon moment pour revoir sa protection.

Sources officielles sur l’arrêt de travail des indépendants

• Artisans, commerçants et micro-entrepreneurs : ameli.fr, arrêt maladie des artisans et commerçants
• Professions libérales : ameli.fr, arrêt maladie des professionnels libéraux
• Exploitants agricoles : msa.fr, l’indemnité journalière Amexa
• Déduction des cotisations de prévoyance des indépendants : BOFiP, charges sociales personnelles, modalités de déduction

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